Die systematische Einordnung des Gingko ist schon ein grundsätzliches Problem der Organisation der Nacktsamer insgesamt. Nach der "klassischen" Einteilung (zum Beispiel
hier) teilt man die rezenten Nacktsamer (
Gymnospermae) in zwei Unterabteilungen, nämlich die
Cycadophytina mit den Palmfarnen (
Cycadales) und den
Gnetales (die ich persönlich auch besonders interessant finde - neben der südafrikanischen
Welwitschia gibt es mit
Ephedra aus der Familie
Ephedraceae auch europäische Arten, von denen zumindest eine halbwegs winterhart ist) einerseits und den
Coniferophytina mit den Koniferen (
Coniferales), Eiben (
Taxales) und Gingkos (
Gingkoales) andererseits.
Es gibt aber gute Gründe, die Nacktsamer auch anders zu klassifizieren. Schließlich stellten sie (mit zum Teil ausgestorbenen Gruppen) im späten Paläozoikum und im Mesozoikum eine ganze Reihe von evolutionären Entwürfen zur Weiterentwicklung der überkommenden Vermehrung durch Sporen usw. dar, wie zum Beispiel bei den Farnen vorkommt. Nach
dieser Einteilung werden die verschiedenen Gruppen der Nacktsamer (
Cycadophyta = Cycadeen,
Gingkophyta = Gingkos,
Pinophyta = Koniferen,
Gnetophyta) gleichberechtigt als Phyla - Stämme - neben die Bedecktsamer (
Magnoliophyta) gestellt.
Es ist leider so, dass die Großsystematik in einigen Bereichen eine noch kompliziertere Sache sein kann als die Taxonomie von Gattungen und Familien, besonders, wenn man nur wenige rezente Vertreter einer Abteilung kennt und die Interpretation phylogenetischer und morphologischer Fakten schwierig ist.