Sowohl Pfirsich und noch mehr Nektarinen sind stark fruchtmoniliaanfällig. Eine Beschädigung der Fruchthaut (z.B. durch Insektenfraß) begünstigt den Eintritt des Pilzes. Für eine richtige Diagnose des Problems ist die Beschreibung zu undetailliert. Eine Ferndiagnose wird aber in jedem Falle schwierig bleiben.
Ist es möglich, die Baumkronen gegen direkten Regeneinfall zu schützen? Das geht vermutlich nur bei einem sehr mauernahen Standort. Dies würde sowohl die Kräuselkrankheit verringern als auch einen gewissen Schutz gegen die Fruchtfäule bieten. Die Kräuselkrankheit dürfte eher nicht der Grund für die nicht ausreifenden Früchte sein, es sei denn die Bäume zeigen auch sonst sehr deutliche Schwächeanzeichen. Dies soll aber nicht der Fall sein. Für die Behandlung gegen die Kräuselkrankheit gibt es hier im Forum schon einen langen Faden. Ich würde empfehlen, diesen von hinten zu lesen, weil dort Erfahrungsberichte über die funktionierende Behandlung mit Peressigsäure (Gemisch aus Wasser, Essig und Wasserstoffperoxid) enthalten sind. Ich kann aus eigener Erfahrung bestätigen, dass diese Behandlung wirksam ist.
Wenn das Problem bestehen bleibt, wäre auch die Sortenwahl zu überdenken. Ich würde einen Versuch mit frühreifenden Sorten starten. Meiner Erfahrung nach, eignen sich Pfirsiche und demgemäß auch Nektarinen für die Kübelhaltung nicht sonderlich gut. Meine Versuche beschränkten sich allerdings auf Pfirsich mit Pfirsichsämling als Unterlage. Diese Pflanzen blieben alle sehr schwach im Vergleich zu ausgewachsenen Exemplaren. Gerade Pfirsiche "leben" von ihrer Wüchsigkeit, weil sie kein altes Fruchtholz haben. Sie sind auf jährlich guten Neuzuwachs angewiesen. Überhaupt ist die Kultur von Obstbäumen in Kübeln meiner Ansicht nach eine der schon schwierigeren Disziplinen des Obstbaus.