Die Viruserkrankungen der Tomate sind im wesentlichen die gleichen, wie die der Kartoffel und zeichnen auch ähnlich, d.h. sie fallen durch veränderte Blattzeichnung (Mosaik oder verfärbte Äderung) oder veränderten Habitus (Stauchung im Wuchs) auf. Virosen können selbst in getrockneten Pflanzenteilen Jahrzehnte überleben. Obwohl die meisten Virosen nicht samenbürtig sind, können die dennoch mit dem den Samen anhaftenden Pflanzenteilen übertragen werden. Ausnahme ist das anderenorts erwähnte Spindel-Tuber-Virus, welches tatsächlich samenbürtig ist, in unseren Breiten aber kaum eine Bedeutung hat. Wer seine Tomatensamen also ordentlich vergärt und einigermaßen sauber arbeitet, wird kaum Virosen mit diesen herumschleppen. Gleiches gilt für die Bakterienwelke.
Die meisten Pilzerkrankungen (außer phytophtora, wenn vergoren wird), wie Alternaria, Mehltaupilze, Botrytis, Rhizoctonia, Sclerotinia, Septoria und Fusarium sind samenbürtig und können auch in der Samenschale übertragen werden, ein Vergären reicht hier oftmals nicht mehr.
Viele dieser Pilze kann man durch Heisswasserbeizung erfolgreich loswerden, aber wer badet schon gerne seine Tomatendamen bei knapp über 50° C für eine halbe Stunde und riskiert, wenn die Temperatur zwei Grad höher rutscht, die Samen abzutöten.

Bei seltenen Samen kann diese Methode aber das Mittel der Wahl sein.
Fazit: wer alle mickerigen, schwächelnden und kränkelnden Vertreter rechtzeitig vernichtet und seine Samen vergärt, ist eigentlich auf der sicheren Seite.
Ausnahmen von der Regel, nur kräftige und gesunde Pflanzen zur Vermehrung heranzuziehen kann man sich nur bei Phytohptora und Viruserkrankungen unter der Bedingung des gründlichen Vergärens leisten. Das Erkennen einzelner insbesondere viröser Krankheiten an den Symptomen setzt jedoch oft die Kenntnis des Sortenbildes vorraus, was bei "häufig wechsenden Partnern"

schwierig ist. Daher sollte ein Vergären die Grundvoraussetzung für die Weitergabe von Saatgut sein.