Bakterien sind schon eingeschleppt, wenn das zeug aus der Mikrowelle kommt und zugedeckelt wird.
Das tolle an Bakterien ist, die vermehren sich von allein, gerade auf konkurrenzfreien Substraten. Also mit der Zeit wird aus einer ein paar Milliarden.
Ich halte bei einem so sauren und Bakterienfeindlichem Substrat ((Poly)phenole aus dem Torf sind antibakteriell) aber eher Pilze für die Übeltäter. Die sidn eher auf saure Substrate spezialisiert als Bakterien.
Die (evtl. mikroskopisch kleinen) Pilze bauen dir die übrig gebliebenen Holzbestandteile in den Torffasern ab, deswegen schrumpft auch das Substrat. Das geht alles als CO2 flöten. Beim Abbau der Torfmasse sondern die Pilze Stoffwechselgifte ab, die auf die Farne giftig wirken. Das zeigen sie mit Chlorose, Deformation oder allgemeiner Hemmung bzw auch Blattrandnekrosen. Die verschiedenen Sämlinge sind natürlich alle unterschiedlich empfindlich und so steht man mit zunehmender Kulturdauer vor einem Bild, das man sich nicht erklären kann.
Auch wenn sich das alles nicht so ganz einfach belegen lässt, Bioherbizide bei Pilzen sind jedenfalls nichts unbekanntes und hier passt einfach alles zu dem was wir zu unseren Substraten wissen.
Torf ist halt nix, was man steril halten kann, sondern etwas, das schafft, sobald es aus dem Sumpf geräubert wird. Und so schaukeln sich geringe Probleme bei den langen Standzeiten mit den Farnminis oder anderen Winzlingen zu echten Problemen auf.
Alternativ: überlege auch mal von unten zu wässern statt von oben.